El CMI posee una colección única de documentos especializados relacionados con el movimiento ecuménico y su historia: 120.000 volúmenes, 1.400 publicaciones periódicas especializadas (algunas de ellas tienen más de un siglo), 500.000 documentos en microfilme, 400.000 negativos y diapositivas y 180.000 reproducciones, 500 vídeos, 3.000 cintas de audio y unos 12.000 cajones de archivos.

La biblioteca y el archivo del CMI, que se hallan en dos lugares: el Centro Ecuménico de Ginebra y el Instituto Ecuménico de Bossey, sirven de apoyo a la formación ecuménica y la investigación sobre el ecumenismo con su labor de gestión de la información y conservación de la memoria institucional del movimiento ecuménico.

La biblioteca selecciona, adquiere y procesa libros, documentos, revistas especializadas y periódicos, archivos, correspondencia y artículos, y los pone a disposición de los investigadores y otros usuarios. Entre estos últimos se encuentran ecumenistas interesados, incluidos los del Instituto Ecuménico y el personal del CMI, personal de otras organizaciones ecuménicas, bibliotecas teológicas y departamentos de estudios ecuménicos, y centros de investigación ecuménica de todo el mundo.

La mayoría de los documentos del CMI se producen ahora en formato electrónico; la biblioteca y el archivo se aseguran de que esta información esté bien almacenada y sea fácilmente accesible. Las bases de datos de la biblioteca y del archivo están disponibles en la Red. La asociación con la red de bibliotecas suizas de habla francesa universitarias y públicas garantiza una alta calidad.