Entre las iglesias que no son miembros del CMI, la más notable es la Iglesia Católica Romana. Desde 1965 un Grupo Mixto de Trabajo (GMT), patrocinado conjuntamente por el CMI y la Iglesia Católica Romana, se ha reunido periódicamente para tratar temas de interés común y fomentar la cooperación. Se celebran anualmente reuniones plenarias, y un grupo ejecutivo se reúne dos veces en los períodos de dichas reuniones. Los dos cosecretarios del GMT del Pontificio Consejo para la Promoción de la Unidad de los Cristianos (PCPUC) y del CMI ayudan a coordinar los contactos entre el CMI y los departamentos (o dicasterios) del Vaticano.

El GMT es un grupo de trabajo mundial con aportaciones regionales y locales. Los participantes por el CMI son 10 miembros y consultores que representan a su comunidad (tradiciones eclesiales, confesiones, regiones, categorías de población, personas ordenadas y laicas, y jóvenes). El PCPUC designa un número igual de personas. EL GMT ofrece un espacio en el que los órganos rectores examinan temas importantes que afectan a sus relaciones y en el que sus representantes comparten experiencias de sus iglesias y comunidades con las parroquias católicas romanas a nivel local.

Realizan los estudios ya sea los miembros del GMT o bien expertos de los órganos rectores invitados por él. El programa del GMT incluye varias esferas de las actividades programáticas del CMI, tales como la Peregrinación de Justicia y Paz, cuestiones doctrinales, cuestiones relacionadas con la misión, la justicia, la paz y la reconciliación, la formación ecuménica y la juventud.

Aunque la Iglesia Católica Romana no es miembro del CMI, es miembro de derecho pleno de la Comisión de Fe y Constitución. La Iglesia Católica Romana participa también en calidad de consultora en el equipo sobre misión y unidad. Patrocina también un puesto de profesor de facultad y presta apoyo espiritual en el Instituto Ecuménico de Bossey. Por medio del Pontificio Consejo para el Diálogo Interreligioso, la Iglesia Católica Romana colabora con el equipo del CMI sobre diálogo y cooperación interreligiosos.